当寺は応永元年（１３９3）、室町時代の初期、祐尊法印によって開山。小田城主領、常陸真言宗4ヶ寺のうちの1ヶ寺で、五智山光明院南圓寺と号し、本尊は大日如来を祀る名刹である。江戸時代初期、第17代住職俊盛僧正は京都智積院にて真言教学を学び、後に豊山長谷寺に登領された。長谷寺では子弟の教育に専念され学頭となり、延宝3年（１６７５）、長谷寺第10世の化主に就任された。宝暦時代（１７５１〜１７６３）、第25代圓瑞法印により諸堂伽藍を建立されたが、明治19年の火災によって焼失。現在の本堂は昭和48年に建立。その後山門・客殿・庫裡が再建され、現在の伽藍形態となった。