慈覚大師円仁（７９４〜８６４）開基の天台宗寺院である。淳和天皇の勅許により承和元年（８３４）筑西市赤浜に創建し、承和寺と称していたが、平将門の乱により堂宇を全て焼失。その後、亮守により、観応２年（１３５１）に黒子に地を定め、崇光天皇の勅命によって再興された名刹である。当寺建立にあたり、千部の妙典（妙法蓮華経）を小石に書写し、浄域の中央に埋納したことから、寺号を千妙寺と称するようになった。また、亮守が台密三昧流の伝統を受け継いでいたことから、三昧流灌頂道場として今日に至っている。室町時代から戦国時代にかけて、末寺門徒寺院を７００以上数える大寺院であった。東睿山の山号は、慶長18年（１６１３）、後水尾天皇の勅号である。総本堂は天正11年（１５８３）、14世亮信の代の建立で、市指定文化財になっている。展示室では寺宝が公開されている􀈾