かつては「畑中の比丘さま」と呼ばれ親しまれた寺だが、創立年代や開基は不詳。寺伝によれば、元禄12年（１６９９）正圓智道が本堂を建立し、馬頭観世音菩薩を安置して円通寺を中興したと伝わる。のち、昭和の初めから60年間無住であったが、昭和63年に現住が入寺し復興した。本尊の馬頭観世音菩薩は、火炎を背にして怒りの形相すさまじい仏像だが、実は慈悲深い菩薩である。