建保5年（１２１７）、醍醐寺27代および30代座主の光宝大和尚が、勝軍地蔵尊を本尊とし、「勝軍山地蔵院十輪寺」を建立したのが当山のはじまりである。後に光範和尚は境内地を移動し現在の地に堂を建立、延命地蔵尊を安置した。室町時代の終わりに武茂城主藤原好綱公は金堂を寄進され馬頭観音を安置した。江戸時代に入り、水戸藩主光圀公は当山を来訪され、境内、堂宇を修復し、馬頭観音を本尊に指定し、寺院名を「武茂山馬頭院十輪寺」とした。その際、当山に10万石の格式を付与し、朱印寺とした。